从水体形成自净作用的场所上看，水体的自净作用又可分成以下几类：
水与大气间的自净作用
这种作用的表现，如河水中的二氧化碳、硫化氢等气体的挥发释放和氧气溶入等。
水的自净作用
污染物质在河水中的稀释、扩散、氧化、还原，或由于水中微生物作用而使污染物质发生生物化学分解，以及放射性污染物质的蜕变等等。
水与底质间的自净作用
这种作用表现为河水中悬浮物质的沉淀，污染物质被河底淤泥吸附等等。
水体底质中的自净作用
由于底质中微生物的作用使底质中的有机污染物质发生分解等。
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