从工程项目自身的合理选址选线、合理的工程设计方案、合理的施工建设方式和有效的管理出发来减少生态环境影响，是最有效的方法，也最具有可行性。这些措施也是项目建设者应尽的环保责任。
1．合理选址选线
从环境保护出发，合理的选址和选线主要是指：
（1）选址选线避绕敏感的环境保护目标，不对敏感保护目标造成直接危害。这是“预防为主”的主要措施。
（2）选址选线符合地方环境保护规划和环境功能（含生态功能）区划的要求，或者说能够与规划相协调，即不使规划区的主要功能受到影响。
（3）选址选线地区的环境特征和环境问题清楚，不存在“说不清”的科学问题和环境问题，即选址选线不存在潜在的环境风险。
（4）从区域角度或大空问长时间范围看，建设项目的选址选线不影响区域具有重要科学价值、美学价值、社会文化价值和潜在价值的地区或目标，即保障区域可持续发展的能力不受到损害或威胁。
2．工程方案分析与优化
从以经济为中心转向“以人为本”，实行可持续发展战略，不仅是经济领域的重大战略转变，也是环境保护战略和环评思想与方法的重大转变。许多工程建设方案是按照经济效益最大化进行设计的，这在以经济为中心的战略下具有一定的合理性（符合总战略方针），但从科学发展观来看，就可能不完全合理，因为可持续发展就是追求经济-社会-环境整体效益的最佳化，或者说发展战略以单一经济目标转向经济-社会-环境综合目标。因此，一切建设项目都须按照新的科学发展观审视其合理性。环境影响评价中，亦必须进行工程方案环境合理性分析，并在环保措施中提出方案优化建议。从可持续发展出发，工程方案的优化措施主要是：
（1）选择减少资源消耗的方案。最主要的资源是土地资源、水资源。一切工程措施都需首先从减少土地占用尤其是减少永久占地进行分析。例如，公路的高填方段，采用收缩边坡或“以桥代填”的替代方案，需在每个项目环评中逐段分析用地合理性和采用替代方案的可行性。水电水利工程需从不同坝址、不同坝高等方面分析工程方案的占地类型、占地数量及占地造成的社会经济损失，给出土地资源损失最少、社会经济影响最小的替代方案建议。
（2）采用环境友好的方案。“环境友好”是指建设项目设计方案对环境的破坏和影响较少，或者虽有影响也容易恢复。这包括从选址选线、工艺方案到施工建设方案的各个时期。例如，公路铁路建设以隧道方案代替深挖方案；建设项目施工中利用城市、村镇闲空房屋、场地，不建或少建施工营地，或施工营地优化选址，利用废弃土地，少占或不占耕地、园地等。环评中应对整体建设方案结合具体环境认真调查分析，从环境保护角度提出优化方案建议。
（3）采用循环经济理念，优化建设方案。目前，在建设项目工程方案设计中采用的一些方法，如公路铁路建设中的移挖作填（用挖方的土石作填方用料），港口建设中的航道开挖做成陆填料，水利项目中用洞采废石做混凝土填料，建设项目中弃渣造地复垦等，都是一种简单的符合循环经济理念的做法。循环经济包括“3R”（Reduce减少，Recycle循环，Reuse再利用）概念，也包括生态工艺概念，还包括节约资源、减少环境影响等多种含义。利用循环经济理念优化建设方案，是环评中需要大力探索的问题，应结合建设项目及其环境特点等具体情况，创造性地发展环保措施。尤其需不断学习和了解新的技术与工艺进步，将其应用于环评实践中，推进建设项目环境保护的进步与深化。
（4）发展环境保护工程设计方案。环境保护的需求使得工程建设方案不仅应考虑满足工程既定功能和经济目标的要求，而且应满足环境保护需求。这方面的技术发展十分薄弱，需要在建设项目环评和环保管理中逐步推进。例如，高速公路和铁路建设会对野生生物造成阻隔，有必要设计专门的生物通道；水坝阻隔了鱼类的洄游，需要设计专门的过鱼通道；古树名木受到建设项目选址选线的影响，不得不进行整体移植；文物的搬迁和易地重植、水生生物繁殖和放流等，都是新的问题，都需要发展专门的设计方案，而且都需要在实践中检验其是否真有效果。因此，建设项目环评中不仅应提出专门的环境保护工程设计的要求，而且往往需要提出设计方案建议或指导性意见和一些保障性措施，才可能使这些措施真正落实。
3．施工方案分析与合理化建议
施工建设期是许多建设项目对生态环境发生实质性影响的时期，因而施工方案、施工方式、施工期环境保护管理都是非常重要的。
施工期的生态环境影响因建设项目性质不同和项目所处环境特点的不同会有很大的差别。在建设项目环境影响评价时需要根据具体情况做具体分析，提出有针对性的施工期环境保护工作建议。一般而言，下述方面都是重要的：
（1）建立规范化操作程序和制度。以一定程序和制度的方式规范建设期的行为，是减少生态环境影响的重要措施。例如，公路、铁路、管线施工中控制作业带宽度，可大大减少对周围地带的破坏和干扰，尤其在草原地带，控制机动车行道范围，防止机动车在草原上任意选路行驶，是减少对草原影响的根本性措施。
（2）合理安排施工次序、季节、时间。
合理安排施工次序，不仅是环境保护需要的，也是工程施工方案优化的重要内容。程序合理可以省工省时，保证质量。
合理安排施工季节，对野生生物保护具有特殊意义，尤其在生物产卵、孵化、育幼阶段，减少对其干扰，可达到有效保护的目的。
合理安排时间，也是一样，例如学生上课、居民夜眠时，都需要安静，不在这一时段安排高噪声设备的施工，就可大大减少影响。
（3）改变落后的施工组织方式，采用科学的施工组织方法。
建设项目的目标是明确的，并且一定可以实现，需要讲究的是项目实施过程的科学化、合理化，以收到省力省钱、高质高效的效果。要做到科学化、合理化，就必须精心研究、精心设计、精心施工，把功夫下在前期准备上。与此相反的做法就是“三边”工程，即“边勘探、边设计、边施工”，这种“目标不明干劲大，心中无数点子多”的做法，曾一度盛行，至今仍不时可见。更有甚者至今仍有“会战”式的施工方式，拿打仗的做法来搞建设，混淆了两类不同事物的性质，没有不失败的。因此，从环境保护的角度出发，了解施工组织的科学性、合理性，提出必要的合理化建议，是十分必要的。
4．加强工程的环境保护管理
加强工程的环境保护管理，包括认真做好选址选线论证，做好环境影响评价工作，做好建设项目竣工环境保护验收工作，做好“三同时”管理工作等。根据建设项目生态环境影响和生态环境保护的“过程性”特点，以及建设项目生态环境影响的渐进性、累积性、复杂性、综合性特点，有两项管理工作特别重要，那就是：
（1）施工期环境工程监理与施工队伍管理。
（2）营运期生态环境监测与动态管理。
1．合理选址选线
从环境保护出发，合理的选址和选线主要是指：
（1）选址选线避绕敏感的环境保护目标，不对敏感保护目标造成直接危害。这是“预防为主”的主要措施。
（2）选址选线符合地方环境保护规划和环境功能（含生态功能）区划的要求，或者说能够与规划相协调，即不使规划区的主要功能受到影响。
（3）选址选线地区的环境特征和环境问题清楚，不存在“说不清”的科学问题和环境问题，即选址选线不存在潜在的环境风险。
（4）从区域角度或大空问长时间范围看，建设项目的选址选线不影响区域具有重要科学价值、美学价值、社会文化价值和潜在价值的地区或目标，即保障区域可持续发展的能力不受到损害或威胁。
2．工程方案分析与优化
从以经济为中心转向“以人为本”，实行可持续发展战略，不仅是经济领域的重大战略转变，也是环境保护战略和环评思想与方法的重大转变。许多工程建设方案是按照经济效益最大化进行设计的，这在以经济为中心的战略下具有一定的合理性（符合总战略方针），但从科学发展观来看，就可能不完全合理，因为可持续发展就是追求经济-社会-环境整体效益的最佳化，或者说发展战略以单一经济目标转向经济-社会-环境综合目标。因此，一切建设项目都须按照新的科学发展观审视其合理性。环境影响评价中，亦必须进行工程方案环境合理性分析，并在环保措施中提出方案优化建议。从可持续发展出发，工程方案的优化措施主要是：
（1）选择减少资源消耗的方案。最主要的资源是土地资源、水资源。一切工程措施都需首先从减少土地占用尤其是减少永久占地进行分析。例如，公路的高填方段，采用收缩边坡或“以桥代填”的替代方案，需在每个项目环评中逐段分析用地合理性和采用替代方案的可行性。水电水利工程需从不同坝址、不同坝高等方面分析工程方案的占地类型、占地数量及占地造成的社会经济损失，给出土地资源损失最少、社会经济影响最小的替代方案建议。
（2）采用环境友好的方案。“环境友好”是指建设项目设计方案对环境的破坏和影响较少，或者虽有影响也容易恢复。这包括从选址选线、工艺方案到施工建设方案的各个时期。例如，公路铁路建设以隧道方案代替深挖方案；建设项目施工中利用城市、村镇闲空房屋、场地，不建或少建施工营地，或施工营地优化选址，利用废弃土地，少占或不占耕地、园地等。环评中应对整体建设方案结合具体环境认真调查分析，从环境保护角度提出优化方案建议。
（3）采用循环经济理念，优化建设方案。目前，在建设项目工程方案设计中采用的一些方法，如公路铁路建设中的移挖作填（用挖方的土石作填方用料），港口建设中的航道开挖做成陆填料，水利项目中用洞采废石做混凝土填料，建设项目中弃渣造地复垦等，都是一种简单的符合循环经济理念的做法。循环经济包括“3R”（Reduce减少，Recycle循环，Reuse再利用）概念，也包括生态工艺概念，还包括节约资源、减少环境影响等多种含义。利用循环经济理念优化建设方案，是环评中需要大力探索的问题，应结合建设项目及其环境特点等具体情况，创造性地发展环保措施。尤其需不断学习和了解新的技术与工艺进步，将其应用于环评实践中，推进建设项目环境保护的进步与深化。
（4）发展环境保护工程设计方案。环境保护的需求使得工程建设方案不仅应考虑满足工程既定功能和经济目标的要求，而且应满足环境保护需求。这方面的技术发展十分薄弱，需要在建设项目环评和环保管理中逐步推进。例如，高速公路和铁路建设会对野生生物造成阻隔，有必要设计专门的生物通道；水坝阻隔了鱼类的洄游，需要设计专门的过鱼通道；古树名木受到建设项目选址选线的影响，不得不进行整体移植；文物的搬迁和易地重植、水生生物繁殖和放流等，都是新的问题，都需要发展专门的设计方案，而且都需要在实践中检验其是否真有效果。因此，建设项目环评中不仅应提出专门的环境保护工程设计的要求，而且往往需要提出设计方案建议或指导性意见和一些保障性措施，才可能使这些措施真正落实。
3．施工方案分析与合理化建议
施工建设期是许多建设项目对生态环境发生实质性影响的时期，因而施工方案、施工方式、施工期环境保护管理都是非常重要的。
施工期的生态环境影响因建设项目性质不同和项目所处环境特点的不同会有很大的差别。在建设项目环境影响评价时需要根据具体情况做具体分析，提出有针对性的施工期环境保护工作建议。一般而言，下述方面都是重要的：
（1）建立规范化操作程序和制度。以一定程序和制度的方式规范建设期的行为，是减少生态环境影响的重要措施。例如，公路、铁路、管线施工中控制作业带宽度，可大大减少对周围地带的破坏和干扰，尤其在草原地带，控制机动车行道范围，防止机动车在草原上任意选路行驶，是减少对草原影响的根本性措施。
（2）合理安排施工次序、季节、时间。
合理安排施工次序，不仅是环境保护需要的，也是工程施工方案优化的重要内容。程序合理可以省工省时，保证质量。
合理安排施工季节，对野生生物保护具有特殊意义，尤其在生物产卵、孵化、育幼阶段，减少对其干扰，可达到有效保护的目的。
合理安排时间，也是一样，例如学生上课、居民夜眠时，都需要安静，不在这一时段安排高噪声设备的施工，就可大大减少影响。
（3）改变落后的施工组织方式，采用科学的施工组织方法。
建设项目的目标是明确的，并且一定可以实现，需要讲究的是项目实施过程的科学化、合理化，以收到省力省钱、高质高效的效果。要做到科学化、合理化，就必须精心研究、精心设计、精心施工，把功夫下在前期准备上。与此相反的做法就是“三边”工程，即“边勘探、边设计、边施工”，这种“目标不明干劲大，心中无数点子多”的做法，曾一度盛行，至今仍不时可见。更有甚者至今仍有“会战”式的施工方式，拿打仗的做法来搞建设，混淆了两类不同事物的性质，没有不失败的。因此，从环境保护的角度出发，了解施工组织的科学性、合理性，提出必要的合理化建议，是十分必要的。
4．加强工程的环境保护管理
加强工程的环境保护管理，包括认真做好选址选线论证，做好环境影响评价工作，做好建设项目竣工环境保护验收工作，做好“三同时”管理工作等。根据建设项目生态环境影响和生态环境保护的“过程性”特点，以及建设项目生态环境影响的渐进性、累积性、复杂性、综合性特点，有两项管理工作特别重要，那就是：
（1）施工期环境工程监理与施工队伍管理。
（2）营运期生态环境监测与动态管理。
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